O Programa Saúde na Escola (PSE) foi instituído em 2007 pelo Decreto Presidencial nº 6.286 com o objetivo de desenvolver ações intersetoriais para a melhoria da qualidade de vida de crianças e adolescentes a partir da articulação do Ministério da Saúde e Ministério da Educação.

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À nível municipal, apresenta-se como uma parceria entre a Fundação Municipal de Saúde e a Fundação Municipal de Educação firmada com pactuação de metas municipais a serem desenvolvidas ao longo do ano de forma intersetorial.